من طرف 
اتهم د. محمد حبيب نائب مرشد الإخوان السابق الجماعة بعدم تحقيق الفصل
الحقيقي بين السلطتين التنفيذية والتشريعية داخل الجماعة، مؤكدا أن الجماعة
في هذه النقطة تفعل كما كان يفعل النظام البائد إذا كان عنده وزير فيرشحه
لمجلس الشعب!!
وقال في لقاء مع قناة الجزيرة مباشر مصر تحت عنوان "تداعيات قرار الإخوان
بفصل أبو الفتوح وقبول اعتذار حبيب من مجلس الشورى" إن التركيبة الداخلية
لمجلس لمؤسسات الجماعة وبخاصة مجلس شوري الجماعة تتكون من جميع أعضاء مكتب
الإرشاد وعلي رأسه المرشد إضافة إلي رؤساء المكاتب الإدارية حوالي 29 فردا
وهم حكما أعضاء في المجلس، كما يجوز الإرشاد اختيار 15 عضوا لضمهم إلي
المجلس.
وأضاف إن هذا العدد يصل إلي 64 عضوا من أعضاء مجلس شوري الجماعة الذين
يتراوح عددهم ما بين 95 إلي 100 وهذا معناه أن الهيئة التنفيذية هي الحاكمة
واذكر هنا مثالا علي ذلك ما حدث مع الحزب فعندما تم اختيار رئيس الحزب
ونائبه والأمين دخل مكتب الإرشاد وعرض علي مجلس الشورى هذه الأسماء
وبالتالي هو يفرض وصاية عليهم.
وأشار إلي انه في ظل الدولة البوليسية وإحكام القبضة الأمنية الحديدية
أيام مبارك ما كان مجلس الشورى يستطيع أن يجتمع وبالتالي كانت تؤل كل
الصلاحيات والقرارات إلي مكتب الإرشاد بموجب اللائحة، كما انه توجد ثقافة
قديمة وعميقة أن مجلس الشورى يدين بنوع من الطاعة والولاء والتقدير
والإعزاز والإجلال لمكتب الإرشاد ومن ثم لا يرفض له رغبة ولا توجه!!
وأوضح أن الواجب والضروري ونحن نتكلم عن مرحلة انتقالية ان تتكاتف كل القوي
وعناصر المشهد السياسي وبذلك ننفي وجود حالة من الاستقطاب الحاد بين القوي
الليبرالية واليسارية من ناحية والتيارات الإسلامية من الاخري فنحن نريد
أن يتوافق الكل وبدلا من الخلاف علي الدستور أولا نريد أن نتكاتف حول
منظومة من القيم ومعايير تضمن اختيار الهيئة التأسيسية التي ستنبثق من
مجلسي الشعب والشورى لوضع الدستور أتصور أن هذا يستلزم بالضرورة عدم ترشح
عبد المنعم أبوالفتوح او محمد سليم العوا.
وبسؤاله هل كنت ترفض أن يترشح احد أفراد الجماعة للرئاسة أجاب لم أكن أفضل
ترشيح أي احد من ذوي التوجه الإسلامي الواضح، خاصة في هذه المرحلة
الانتقالية فنحن نريد أن نبعث للجميع برسالة بأننا لا نريد أن نتصدر المشهد
ونقبل أن نراجع إلي الخلف وتتواري قليلا ونقدم أي من النماذج المحترمة
وندعمها طالما أن ذلك سيتيح فرصة متميزة لتحقيق أهداف الثورة الكبرى
المتمثلة في الحرية والعدالة الاجتماعية وإقامة نظام حكم ديمقراطي حقيقي.