من طرف 
قال القس مكارى يونان،صاحب الشعبية الاوسع بين كهنة الكنيسة القبطية شعبية، أن "التطاول" على البابا شنودة الثالث يعتبر هجوما على كل المسيحين وعلى المسيح نفسه.
واضاف خلال عظته الإسبوعية بالكنيسة المرقسية الكبرى بكلوت بك"نحن الأقباط تتم إهانتنا على مدار السنسن فى الإذاعة والتلفزيون والميديا وتعودنا ألا نرد لكن هول ما سمعمته يدفعنا لأن نتكلم، فمن العيب أن انسان أو اثنين واو ثلاثة يتطاولون على البابا والتطاول عليه تطاول على كل المسيحيين وعلى المسيح نفسه".
ووسط تصيق حار من نحو ألفين من الأقباط الحضور قال مكارى " البابا بحكمته النازلة من السماء استطاع أن يهدى الأمور ويطفئ النيران المشتعلة بالرغم من تطور الإرهاب ويأتى بعضهم ليقول أن عمر الطائفية فى مصر من عمر إعتلاء البابا للكرسي البطريركى"
وأضاف "البابا إنسان غير عادى ده مسيح الرب (تعبيير من الإنجيل يطلق على الأشخاص المختارين من قبل الله وكثيرا ما يطلق على الرسل والأنبياء) وتبقى كل كلمة قيلت فى حق البابا كأننها قيلت فى حق المسيح فهو الإنسان المختار الذى تم تعينه من قبل الله وليس من قبل الناس كما يتطاول البعض".
واستخدم القس مكارى يونان أيه من التوراة للاستدلال على مساندة السماء للبابا قال "والرب يقول: الذى إختاره وأمسحه (لرتبه كهنوتية) تسبت يدي معه وابن الإثم لا يزله وأسحق أعادئه أمام وجهه وأضرب مبغضية ".
وأضاف "البلد مليانه مسلمين أفاضل وعقلا يكتبون أحسن مما قد نكتب" ووسط تصفيق حاد استمر لنحو عشرة دقائق قال "صديق فى موقع مرموق نظم لقاء بين سبعة مثقفين والبابا وبعد اللقاء قالوا له أن البابا شخص غير عادى لا يمكن أن يكون من عالمنا فهو لا يصلح فقط لقيادة الأقباط بل لقيادة العالم".
حظر تظاهر الأقباط في الكاتدرائية والكنائس
أصدرت الكنيسة المصرية الخميس 7-10-2010، تعميما على الأقباط الذين يخضعون لسلطتها بمنع التظاهر داخل ساحات الكاتدرائية في حي العباسية بالقاهرة، منعا لإثارة الرأي العام المصري واستجابة لبيان شيخ الأزهر والبابا شنودة الصادر أمس الأربعاء والذي يدعوان فيه إلى وأد الفتنة الطائفية والحرص على الوحدة الوطنية وإزالة الاحتقان الطائفي.
وقال الدكتور ثروت باسيلي وكيل المجلس الملي للأقباط الآرثوذوكس لـ"العربية.نت" إنه "يرحب بمنع التظاهرات داخل الكنيسة خاصة مع توتر الأجواء خلال الأسابيع الماضية بين المسلمين والمسيحيين".
وأكد وكيل المجلس الملي العام أن مصر شهدت السنوات الماضية نوعا من التظاهرات الطائفية بين الجانبين لم تعتد عليها مصر، ويجب الحد من هذه التظاهرات بقرارات فوقية، وتفعيل القانون وحل المشكلات بعيدا عن أي انفعالات.
وكانت مظاهرات متتالية شهدتها مصر خلال السنوات الماضية بدأت في الكاتدرائية لأول مرة على إثر مزاعم باحتجاز "وفاء قسطنطين" زوجة قس كنيسة "أبو المطامير" بمحافظة البحيرة بدلتا مصر وشارك فيها الآلاف، وتلتها مظاهرات عديدة، حتى خرجت مظاهرات أخرى الأيام الماضية نظمها سلفيون مصريون في أشهر مساجد القاهرة والإسكندرية احتجاجا على ما وصفوه باحتجاز المسلمات في أديرة الكنيسة، ومطالبات بمعاقبة الأنبا بيشوي على تصريحاته الأخيرة حول القرآن رغم إعلان البابا شنودة أسفه على هذه التظاهرات.
وكان د.نبيل لوقا بباوي عضو مجلس الشورى الغرفة الثانية للبرلمان المصري قد تقدم بطلب إلى مجلس الشورى، وقّع عليه 20 نائبا يطالب فيه بتجريم التظاهر داخل المساجد والكنائس.
وثمّن بباوي خطوة الكنيسة بمنع التظاهرات في الكاتدرائية المرقسية بالعباسية، وقال لـ "العربية.نت" كل الترحيب بهذا القرار ونتمنى تعميمه على جميع أماكن العبادة سواء إسلامية أو مسيحية".
وعلق ممدوح اسماعيل المحامي والناشط الإسلامي قائلا: "التظاهرات الأخيرة من قبل الإسلاميين ضد الكنيسة أزعجت قياداتها، فاتخذت سلسلة من الإجراءات بدأت بمنع القساوسة والأساقفة من التحدث لوسائل الإعلام وانتهت بمنع التظاهرات".
ورأى اسماعيل "أن الكنيسة اتخذت هذه الخطوة من داخلها عسى أن تتخذ الدولة قرارا مماثلا بمنع تظاهرات الإسلاميين ضد ممارساتها الأخيرة خاصة قصة "كاميليا زوجة أحد القساوسة والحديث عن إسلامها وتصريحات الأنبا بيشوي حول القرآن".
وردا على ذلك، يقول باسيلي "لقد أصدرت الكنيسة قرارها بمنع التظاهر داخل الكاتدرائية وكافة الكنائس لأن الكنائس مكان للعبادة، وهذا هو الهدف الرئيس للقرار، وليس منعا لمبررات التظاهر ضدها كما يقول البعض".
وكانت مجموعات من الأقباط تعتزم تنظيم مظاهرات أمس الأربعاء داخل الكاتدرائية ردا على مظاهرات نظمها ناشطون إسلاميون، إلا أن قرار البابا شنودة بمنع التظاهر أدى إلى إلغائها.