من طرف 
غضبت الكنيسة على الدكتور هاني عزيز بسبب جلوسه مع الجماعات الاسلامية
والسلفيين .. رفضت هذا العمل جملة وتفصيلا ، وصبت لعناتها على هانى عزيز
لدرجة انها نشرت اعلانا مدفوعا فى الصحف القومية لتتبرأ منه ، ولتؤكد
للجميع انه لا يعمل مستشارا للبابا شنودة الثالث بابا الاسكندرية وبطريرك
الكرازة المرقسية.
هذا الاعلان يعد أول سابقة للكنيسة فى التبرؤ من بعض الاشخاص المغضوب
عليهم أو ممن خالفوا تعليماتها ، خاصة وأنه قيل أكثر من مرة بشكل شفهي
لوسائل الاعلام أن هاني عزيز هو أحد المقربين من البابا شنودة .
الاعلان المفاجأة ، جعل هانى عزيز يدافع عن موقفه الذى بلغ درجة تحدى
الكنيسة ، حتى انه قال لبوابة الشباب فى اول تصريح على الاعلان المنشور:
الكنيسة لها رأي أحترمه، ولكنى لن أتخلي عن فلسفتى في قبول الآخر والحوار
مع كل الأطياف والمناهج والأفكار للبحث عن نقاط التوافق ونبذ نقاط الاختلاف
حتي يكون المجتمع المصري مجتمعاً وسطياً كما هو الأصل في الدين الاسلامي
أو المسيحي ، يمكن أن تكون هذه الجلسات مع بعض المسلمين التي تراهم الكنيسة
" أرهابيين " لا ترضي عنها ..
واضاف عزيز فى نبرة تحدى واضحة : لن أتخلي عما أقتنع به وأعمل عليه من خلال
مبادرة بيت العيلة بالتعاون مع مؤسسة الأزهر الشريف منذ فترة طويلة ،
والجلسات الودية التي أعقدها مع السلفيين والجماعات الاسلامية سوف تؤتي
ثمارها قريبا ونعلن نتائجها وتوصياتها ونبدأ في تنفيذها ليراها المجتمع
المصري كله .
وأوضح الدكتور هاني عزيز أنه لم يكن في يوم من الأيام مستشاراً لقداسة
البابا وأنه حاول أكثر من مرة أن يقنع الاعلام بذلك ولكنهم أصروا علي نسب
وظيفة إليه دون أن يشغلها - علي حد قوله .