من طرف 
زرع بذور الصهيونية التدميرية
المركز الإسرائيلي دار حوله الكثير من الشبهات ولعب دورا خطيراً في مجال التمهيد للتطبيع وزرع بذور الصهيونية التدميرية، من خلال شبكة أبحاثه ورجال المخابرات الإسرائيلية واتهمة الكثيرين بانه يعمل علي جمع المعلومات واصطياد العملاء والتجسّس السياسي والثقافي على مصر والعرب.
ارتباطه بعمليات وشبكات تجسس
وهو ما أثبته ارتباط اسمه بأكثر من عملية وشبكة تجسس ففي عام 85 تم اكتشاف شبكة تجسس كان يقودها المستشار العسكري بالسفارة، وكانت تضم عدداً من أعضاء البعثة الدبلوماسية الإسرائيلية، وبعض الباحثين “بالمركز الأكاديمي الإسرائيلي ومواطنين أمريكيين ومصريين ويهود كما تم القبض علي شبكة أخري عام 86 بحوزتها كمية من الأفلام والصور ومحطة إرسال واستقبال ومعمل تحميض وتبين أن هذه الصور تم التقاطها لوحدات من الجيش المصري .
تهريب مخدرات
إضافة الي ضلوع المركز في تهريب المخدرات ففي عام 1989م فتم ضبط نائب مدير المركز الأكاديمي الإسرائيلي بالقاهرة هو ومجموعة من العاملين معه بالمركز متلبسين بتهريب 2 كيلو وربع الكيلو هيروين داخل أنابيب معجون الأسنان بعد أن استوقفتهم السلطات المختصة في مطار القاهرة وكان معهم السفير الصهيوني بالقاهرة وقتها .
مفرخة للتجسس
الدكتور يحيي القزاز الاستاذ بكلية العلوم جامعة حلوان و العضو بحركة 9 مارس لاستقلال الجامعات استنكر فعلة الوزارة مؤكدا علي أن استمرار عمل المركز في مصر بعد الثورة ما هو الا دليل علي استمرار العمل وفق سياسات النظام البائد .
مشيرا الي ان المركز كان مفرخة للتجسس وعمل كل ما هو ضد مصر تحت ستار زائف كالبعثات والرحلات العلمية ساخر من اعتماد الوزارة علي مركز مشبوه كالمركز الاسرائيلي في تقديم الدعم والبعثات للعلماء المصريين قائلا ” الوزارة ممعهاش فلوس للبعثات فاستعاضت عنها ببعثات مركز موصوم بالتجسس والتطبيع “.
موضحا أن المركز دور الاساسي هو التطبيع واصطياد عناصر لعمل بالموساد قائلا ” هو لا يفرخ الا صهاينة بجنسية مصرية “.
الترويج له خطر كبير وغير مقبول
عادل عبد الجواد ” احد مؤسسى حركة جامعيون من اجل الاصلاح ” علق على ذلك قائلا “ اعضاء هيئة التدريس بالجامعات اتخذوا قرار منذ فترة طويلة بعدم التطبيع مع إسرائيل سواء من خلال نشر الابحاث العلمية فى مجالاتهم او حضور المؤتمرات العلمية التى تعقد بالمشاركة مع الجامعات الاسرائيلية ، ومقاطعة الجامعات والمراكز البحثية الاسرائيلية حتى ان يحصل الفلسطنيين على حقوقهم كاملة ، وبالتالى ترويج موقع وزارة التعليم العالى لعنوان مركز اسرائيلى يعد خطر كبير وغير مقبول على الاطلاق التعاون مع الكيان الصهيونى ” .
واكد انه سيجرى اتصالا هاتفيا بوزير التعليم العالى الدكتور حسين خالد للاطلاع على حقيقة الامر ، قائلا ” نحن لا نعلم هل وزير التعليم على علم بهذة الواقعة ام لا ، ام ان هناك ايادى خفية وراء هذا الترويج للمركز الاسرائيلى ، خاصة ان هناك البعض فى وزارة التعليم يؤيدون فكرة التطبيع مع الكيان الصهيونى ” – بحسب قوله ، مشيرا الى انه فى حال التأكد من ان هذا الامر كان متعمدا من قبل الوزارة فى مسألة الترويج للمركز الاسرائيلى سوف نتخذ قرار فورى باعلان اعضاء هيئة التدريس المقاطعة الرسمية لموقع وزارة التعليم العالى ، ام اذا كان الامر عكس ذلك فسنطالب الوزير بالتحقيق فى الواقعة ومحاسبة من ورائها .
بيان اون لاين