إتهم المستشار طارق البشري النائب الأول – الأسبق - لرئيس مجلس الدولة، قيادة الكنيسة بأنها سعت منذ 30 عامًا إلى ضم الأقباط داخلها لتعبر عنهم بصورة حصرية، معتبرًا أن هذا الأمر يشكل جزءًا هامًا من المشكلة، وقال إن الكنيسة تستخدم في ذلك رجال دين "بحكم تخصصهم لا يعرفون كثيرا في الأمور الإجتماعية والسياسية ويخطئون أخطاء كبيرة.
وقال "البشري" فى تصريحات لفضائية "الجزيرة"، إن الإستبداد الفكري الذي تعاني منه مصر أقل من الإستبداد الذي تعانيه الكنيسة في داخلها، مشيرا إلى أن الكنيسة والمجلس الملي اللذين كانا يؤديان دور توزيع السلطة والنقاش، أصبحا الآن ومنذ فترة طويلة شيئًا واحدًا، حتى أن عددًا كبيرًا من أعضاء المجلس الملي أصبحوا شمامسة.
وأنتقد كذلك دور المعتدلين من المسيحيين والنخب المثقفة التي تواجه سيطرة الإدارة الكنسية، على الرغم من أن المثقفين المسلمين ينتقدون الأزهر في بعض المواقف، إلا أن أكبر المخاطر التي يراها هي سيطرة الإدارة الكنسية على الشعب القبطي وعزلة عن المشاركة في القضايا العامة والمجتمع.
وأضاف إنه على الرغم من الجوانب السلبية من إثارة الأزمة الأخيرة، ودور الإعلام فيها، لكن المصارحة كانت أمرًا إيجابيا.
وشدد البشري على أنه لا توجد مشكلة طائفية بالمعني الحضاري والتاريخي بين المسلمين والأقباط، لكنه جدل يثور ثم يعود ويخبو بسرعة، ضاربا المثل بالتوترات القائمة على مدار قرن من الزمان، لكنه حذر من التراخي عن معالجتها، وطالب بفهم أساس المشكلات، مرجعا الأمر إلى عدم تحقيق المساواة بين المصريين في كافة المجالات.
وطالب بضرورة الاندماج والاختلاط بين المسلمين والمسيحيين، محذرا من حدوث العزلة بينهما، وقال إن هذا الأمر يشكل خطرا كبيرا على مصر، وإن نفى حدوثه في مصر، لكن بعض الحضور قاطعه بالتأكيد على أنه حادث فعليا، وطالب بضرورة التحرك السريع لمواجهة مثل هذه السلوكيات.