ومن جانبه حث المرشد العام جماعة الإخوان المسلمين بكل مكاتبها وأقسامها أن يبادروا إلى وضع كافة الدراساتالخاصة بالمرحلة الراهنة لكى تنفذ ليكونوا قدوة لغيرهم، على أن تقدم بقية الدراسات إلى مجلس الوزراء، كما ناشد كل القوى الوطنية والمؤسسات العلمية للإسهام بإيجابية من أجل نهضة الوطن ورفع مستوى المواطنين فى كافة المجالات، وأشار إلى المبادرة التى سبق أن قدمها للقوى الوطنية راجيا أن يجتمعوا عليها لمصلحة مصر .
وقد نوه المرشد العام بشدة على دور القوات المسلحة فى الحفاظ على الثورة و الدولة والحرص على سرعة نقل السلطة إلى الشعب عبر انتخابات حرة نزيهة، وأشار إلى ضرورة الحفاظ على تماسك القوات المسلحة ووحدتها وقوتها .
كما أثنى على قرار الحكومة بفتح معبر رفح وإسهامها فى المصالحة الوطنية الفلسطينية، وإحياء الاهتمام الوطنى بالقضية الفلسطينية قضية كل العرب والمسلمين .
وقد ناقش المجلس العديد من الموضوعات المعروضة عليه وقد قرر ما يلى :
إعتماد برنامج ولائحة حزب الحرية والعدالة مع إجراء التعديلات اللازمة ، كون الحزب يعمل مستقلا عن الجماعة وينسق معها بما يحقق مصالح الوطن ، انتخاب كلآ من " الدكتور محمد مرسى رئيسا للحزب ، الدكتور عصام العريان نائبا لرئيس الحزب ، الدكتور محمد سعد الكتاتنى أمينا عاما للحزب " على أن يترك كل منهم مسئولياته فى مكتب الإرشاد .
وجاء فى المجلس أيضآ التأكيد على عدم قيام الجماعة بترشيح أحد منها لمنصب رئيس الجمهورية وكذلك عدم تأييد أحد منها إذا قام بترشيح نفسه لرئاسة الجمهورية ، الترشيح لمجلس الشعب يكون فى حدود 45 – 50% ، تشكيل لجنة تحقيق فى مخالفات أعضائها مكونة من ثلاثة أصليين هم " الأستاذ محمد حسين ، الأستاذ أحمد عبدالمقصود ،الدكتور عطية فياض " وثلاثة احتياطيين هم " الأستاذ محمد عبدالمنعم ، الأستاذ حمدى إبراهيم ، الدكتور محمد سعد عليوة "