من طرف قضت دائرة توحيد المبادئ بالمحكمة الإدارية العليا بمجلس الدولة (والمنصوص عليها في المادة 54 مكرراً من القانون رقم 47 لسنة 1972 بشأن مجلس الدولة) بأن: "التصرفات التي تجريها هيئة الأوقاف، نيابة عن وزير الأوقاف بصفته ناظراً على الأوقاف الخيرية، في شأن إدارة هذه الأوقاف واستثمارها والتصرف فيها، تعد من التصرفات الصادرة من أحد أشخاص القانون الخاص ، ومن ثم فلا اختصاص لمجلس الدولة بهيئة قضاء إداري بالفصل في المنازعات التي تتفرع عنها". (الطعن رقم 3096 لسنة 35 قضائية "إدارية عليا، توحيد مبادئ" – بجلسة 6/5/1999).
كما قضت المحكمة الدستورية العليا بأن: "... البين من استعراض أحكام قرار رئيس الجمهورية بالقانون رقم 272 لسنة 1959 بتنظيم وزارة الأوقاف أنه ناط بوزارة الأوقاف النظر على الأوقاف الخيرية وإدارة أعيانها حفاظاً عليها من أن تمتد إليها يد تعبث فيها ولا ترعى لها حرمة، ثم خلفتها فى هذا العبء هيئة الأوقاف المصرية التي أصبح لها وحدها بمقتضى القانون رقم 80 لسنة 1971 الاختصاص بإدارة واستثمار والتصرف فى أموال الأوقاف الخيرية باعتبارها نائبة عن وزير الأوقاف الذى يتولى إدارة أموال الوقف بصفته ناظر وقف، وكلا من الناظر والنائب يمارس هذه الإدارة كأي ناظر من أشخاص القانون الخاص يقوم بالنظارة على وقف خيري ... ووزارة الأوقاف وهيئة الأوقاف المصرية وهما تُجريان مثل هذه التصرفات لا تعدان من الجهات التي حددتها المادة الأولى من القانون رقم 89 لسنة 1998 بإصدار قانون تنظيم المناقصات والمزايدات حصراً وتنحسر عنهما بالتالي أحكام ذلك القانون برمته ...". (لطفاً، راجع حكم المحكمة الدستورية العليا في الطعن رقم 284 لسنة 24 قضائية "دستورية" – جلسة 29/8/2004).
كما قضت المحكمة الدستورية العليا بأن: "... البين من استعراض أحكام قرار رئيس الجمهورية بالقانون رقم 272 لسنة 1959 بتنظيم وزارة الأوقاف أنه ناط بوزارة الأوقاف النظر على الأوقاف الخيرية وإدارة أعيانها حفاظاً عليها من أن تمتد إليها يد تعبث فيها ولا ترعى لها حرمة، ثم خلفتها فى هذا العبء هيئة الأوقاف المصرية التي أصبح لها وحدها بمقتضى القانون رقم 80 لسنة 1971 الاختصاص بإدارة واستثمار والتصرف فى أموال الأوقاف الخيرية باعتبارها نائبة عن وزير الأوقاف الذى يتولى إدارة أموال الوقف بصفته ناظر وقف، وكلا من الناظر والنائب يمارس هذه الإدارة كأي ناظر من أشخاص القانون الخاص يقوم بالنظارة على وقف خيري ... ووزارة الأوقاف وهيئة الأوقاف المصرية وهما تُجريان مثل هذه التصرفات لا تعدان من الجهات التي حددتها المادة الأولى من القانون رقم 89 لسنة 1998 بإصدار قانون تنظيم المناقصات والمزايدات حصراً وتنحسر عنهما بالتالي أحكام ذلك القانون برمته ...". (لطفاً، راجع حكم المحكمة الدستورية العليا في الطعن رقم 284 لسنة 24 قضائية "دستورية" – جلسة 29/8/2004).