وتحفظت قيادات من الكنائس والطوائف المسيحية على إمكانية خضوع الكنائس لرقابة مالية من أحد أجهزة الدولة مثل الجهاز المركزى للمحاسبات
وقال القمص عبدالمسيح بسيط كاهن كنيسة العذراء بمسطرد، إن هناك شرطا فى مجالس إدارات الكنائس بأن يكون أمين الصندوق من العلمانيين، مضيفاً: "جميع الدفاتر مختومة بختم الكنيسة، وكل قرش نتسلمه يخضع للمراجعة، والكنيسة ليست جهة حكومية لتتم مراقبتها، وإنما تعتمد على تبرعات أعضائها فقط لتمول نفسها ذاتياً، فلا توجد وزارة أوقاف قبطية".
في غضون ذلك، يقوم الدكتور عبدالقوى خليفة، محافظ القاهرة، بزيارة الاربعاء إلى كنيسة العذراء والأنبا إبرام بعين شمس الغربية، التى شهدت أزمة مؤخراً بعد قرار رئيس الوزراء بافتتاحها ضمن عدد من الكنائس الجديدة.
وصرح القس مرقس برتى، راعى الكنيسة، بأن نائب المحافظ تلقى ملفاً من إدارة الكنيسة يشمل عقد شراء الأرض الموقع باسم البابا شنودة الثالث، بالإضافة إلى سيديهات عليها الصلوات وإقامة الشعائر الدينية بها فى عام ٢٠٠٨.
فى سياق متصل، عقد المجلس الملّى القبطى التابع لكاتدرائية الأقباط الأرثوذكس بالاسكندرية اجتماعاً طارئاً بمقر البطريركية الاثنين، احتجاجاً على "المصالحة العرفية" التى جرت بخصوص إعادة افتتاح كنيسة العذراء فى منطقة عين شمس، والتى اشترطت عدم تعليق الصلبان أو القبة.